Третья и завершающая игра TMNT в жанре битэмапа про черепашек ниндзя. Большая часть игры схожа с Teenage Mutant Ninja Turtles 2, но все же имеются небольшие улучшения, среди которых более плавная анимация персонажей и новый тип удара у ниндзя - бросок через себя, который оказался довольно эффективным способом умерщвления противников. Также в TNMT 3 были добавлены супер-удары, которые, правда, отнимают жизнь игрока и возможность переключения на другого персонажа после потери жизни. Сам игровой процесс остался неизменным - выбрав себе черепаху из знаменитой четверки (Микеланджело, Донателло, Рафаэль и Леонардо), игрок должен пройти несколько уровней, пробиваясь сквозь толпы врагов, и одолеть босса в конце. В финале игрок встретится с Шредером - достаточно ловким и сильным противником.